菓葉灰窯位在菓葉村海堤邊的小高地上，為菓葉村民陳福訠先生於1960年代興建的石灰燒製場。
早期澎湖石灰產業相當盛行，澎湖海邊常見的「砂砱」（或稱砱仔，為珊瑚礁碎片與介殼類等之混合物）就是石灰的原料，白淨、質感又好，在水泥建材未普遍利用前，石灰是早期建房砌牆的主要黏著劑。1948年到1965年台灣大量「起販厝」（販厝即為台灣常見的連棟式建物），是澎湖石灰外銷的最高峰，直到1973年以後因為現代水泥建材的競爭而逐漸沒落，菓葉灰窯也參與了石灰產業最輝煌的時期。

菓葉灰窯保存尚稱完整，其存在見證澎湖牡蠣殼灰及砱仔灰的生產歷程與方式，具重要歷史價值。灰窯主要以玄武岩砌成，2007年登錄為歷史建物，2015年由縣府文化局進行整修，但長期關閉，民眾只能欣賞菓葉灰窯美麗的外觀。現在旅遊處與社區攜手合作，開放菓葉灰窯成為旅遊資訊站，提供旅遊服務和導覽，這裡鄰近菓葉觀日樓、龍門，於海邊可見石滬，讓民眾更貼近菓葉灰窯這座人文歷史豐富的建物，也讓民眾更認識菓葉社區。